Untuk mewujudkan misi tersebut Fakultas Pertanian mempunyai 4 (empat) tujuan :
1. Membuat Pendidikan di Fakultas Pertanian bermutu sesuai dengan standar penjaminan mutu sehingga dapat terrealisasi program pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang memiliki keunggulan kompetitif dan komparatif.
2. Menghasilkan Sumber Daya Manusia di bidang Pertanian yang profesional,intelektual dan berdaya saing dan berakhlak mulia sehingga mampu mengaplikasikan konsep dan prinsip ilmiah di bidang program studi agroteknologi dan program studi teknologi hasil pertanian serta dapat mengembangkan dan merancang teknologi pertanian dalam lingkup pertanian berkelanjutan.
3. Fakultas Pertanian sebagai Pusat Pengembangan Ilmu Pengetahuan Pertanian dan Teknologi serta Enterpreneur yang dapat meningkatkan partisipasi dan apresiasi masyarakat terhadap pendidikan pertanian untuk mendukung revitalisasi sektor pertanian.
4. Menciptakan Sumber Daya Manusia di Bidang Pertanian yang mempunyai Nilai-nilai Islam